De facto, continuavam a viver-se momentos complicados na política interna portuguesa, sendo de fundamental importância o abandono das fortalezas que Portugal detinha em Marrocos, desolação sustentada na ideia de que D. Catarina se deixava influenciar pela pouca importância dada por Castela a essa vertente dos interesses portugueses.Vivia-se igualmente a consequência do gorado sonho da Índia, de que apenas restavam os “fumos”. É nesse contexto que deve ser entendida a necessidade de clarificar as políticas e recuperar para o reino as zonas que ainda era possível dominar. Estava nesse caso o Brasil, nomeadamente as capitanias do sul e, obviamente, a zona da Guanabara. Não poderia, pois, haver mais hesitações. Era preciso enviar reforços que, assegurando a presença portuguesa, pudessem, em simultâneo, desbravar, povoar, criar núcleos urbanos, de que o Rio de Janeiro era já a mais estratégica promessa.

Por isso, o Cardeal D. Henrique faz partir de Lisboa, em Maio de 1566, uma frota de socorro sob o comando d Cristóvão de Barros, que chegou à Baía em 24 de Agosto. Nela “o cardeal D. Henrique enviava instruções para Mem deSá […] ordenando-lhe que fosse em pessoa ao Rio de Janeiro, no comando da frota […]. Os franceses tinham recebido forte auxílio militar para erguer fortalezas na costa do Cabo Frio, mantendo os nativos em estado de constante guerra contra os habitantes de S. Sebastião. A presença do Governador, no teatro da luta, tornava-se urgente […]. Cumprindo as ordens recebidas, Mem de Sá reforçou a esquadra e seguiu para o Rio de Janeiro, onde ancorou em 18 de Janeiro de 1567.

“O sacrifício de Estácio de Sá e dos seus homens durara vinte e dois longos meses, vividos «com muita guerra e trabalhos». Mas, como reconheceu o próprio governador, supriu tudo com enorme coragem, conseguindo manter-se, apesar da falta de mantimentos e do escasso auxílio que tinham recebido da Baía de Todos os Santos. O desgaste de nervos, a que os obrigara uma luta quase diária de assaltos e emboscadas,não enfraquecera, porém, o ânimo dos moradores”. A cidade do Rio de Janeiro era já uma realidade no espaço, que nada poderia destruir. Em consonância com a política do reino, que decidira que, abertamente, se fizesse guerra à ocupação francesa, não temendo já enfrentar, se tal fosse necessário, o desafio espanhol, o domínio das terras do sul tornava-se cada vez mais realidade.

A cidade do Rio de Janeiro foi crescendo, ganhando os morros vizinhos e alargando a sua grandeza. Estácio de Sá morria, na sequência de graves ferimentos, em Fevereiro de 1567. Tinham decorrido quase dois anos sobre a fundação e iniciava-se finalmente a pacificação, pois “um testemunho coevo refere que o Governador entrara em paz com o gentio e que «os franceses estavam botados fora do Rio de Janeiro» […]”.

(Manuela Mendonça, “A tardia ocupação da região de Guanabara. Insensatez política ou mentalidade antiga?”, in “Raízes Medievais do Brasil Moderno – Actas”, Academia Portuguesa da História, Lisboa, 2008, pp. 300 – 301)